- 第一章 邂逅！未來的使者
蓮最初與司相遇，是拜託了所長找她養的貓——蘭丸。那時司剛從2020年穿越到這個大正時代，恰好遇見所長便幫忙一起尋找，最後使用手機上的APP在一條暗巷中找到了蘭丸，蓮對此感激不盡（雖然不知道是用未來的機械找到的）。
幾天後徹里偵探事務所接了不知出遠子的委託，去尋找產自北海道的球藻。蓮表示自己可以幫忙，因為她認識的真霧影虎就是來自北海道的人，順帶可以報答一下上次委託徹里偵探事務所尋找蘭丸的恩情。次日司與所長在蓮上學路上相遇，蓮將真霧今日所在地告知司與所長。於是二人前往日比谷公園[2]，球藻委託得以順利解決。
- 第二章 出沒！奪取時間的大怪盜
球藻事件解決後沒多久，新聞報紙上報道了一名被稱作「怪盜黑斯特」的竊賊正在帝都活躍，並偷走了許多價值不菲的藏品。帝都博物館的守衛——中森，前來事務所就是希望司與所長能夠將即將用於展覽的失物找回。在不知出遠子的幫助下，司從怪盜黑斯特留下的字條里解讀出了暗號的含義，所以司請蓮帶路逛逛淺草一帶以尋找線索。雖然如此，司也還是沒什麼頭緒。
第二天一早，司與所長仿佛想通了，在伏倉萬齋的家裏與凌雲閣六樓的商店找回了失物。多虧蓮的幫助才得以找到，蓮因此也成為了徹里偵探事務所的一員。夜晚，司與蓮並排走在街道上。大正時代的夜晚街道並沒有太多的燈火，觸不可及的星光因此顯得更加明亮，司與蓮之間的距離，也比他們想像中的近。（產生好感實錘了）
- 第三章 恐怖！秘密寶藏與膽小鬼梅利莎
某日早晨司、蓮與所長正在事務所內下棋，遠子一臉愁雲地來到事務所請求她們幫忙。考慮到一時半會說不明白，百聞不如一見，遠子直接邀請三人前往她家的豪宅。在家裏，梅利莎講述了自己經歷的一系列怪異事件——正廳彩色玻璃上未知的聲響、深夜窗戶的震動以及看見全身插滿箭矢的亡靈。不過對此地和這座房屋構造不了解的司即使聽完也想不出好辦法。
次日的早晨司在給蓮送完她落下的便當回家時，從所長那得知她能夠聽見而其他人聽不見的噪音，故而司推理出宅內各種靈異現象的真相是自然現象與低頻噪聲引起的。不知出家的庭院內有一台挖掘機在不斷地發出低頻噪聲，對住在宅內的人的身體產生了影響。梅利莎因宅內的女僕都跟隨遠子的父親去了海外，承擔了家裏全部家務導致過度勞累，雙重影響讓梅利莎陷入了過度緊張而做噩夢。
得知真相後，大家也回到了各自的日常之中。
- 第七章 大忙亂？獨狼與年輪蛋糕與南極磁石的一周
早晨司出門買早餐的間隙，成田權造來到事務所提出委託：他要求事務所能找到來自南極的僅有N極的磁石，並交給他。但成田沒有給出任何線索。之後，蓮與上次在球藻委託里幫大忙的真霧也來到了這裏，真霧希望能再一次品嘗到上次從德國帶給蓮的伴手禮。雖說如此，蓮與真霧也只剩下了模糊的印象，不過身為未來人的司根據他們的印象推測這極有可能是年輪蛋糕[3]。但是司經過幾天不斷嘗試，總是離想像中的味道差了一點，其他兩件委託也無從下手。司與真霧的一次偶遇，讓真霧看出司是因為太忙活導致精神疲憊，便給了司兩張《羅密歐與朱麗葉》[4]歌劇的門票。於是，他邀請蓮（司不敢說出真實想法，拿「因為蓮住在淺草」搪塞邀請蓮的理由）一同去放鬆一下。
欣賞完歌劇次日，對着蛋糕調味一籌莫展之時，伏倉萬齋透露了他曾經也吃過年輪蛋糕。司與所長變更策略，打算先將伏倉萬齋家的狼放生。而在尋找方法的過程中，司逐漸意識到他對蓮的感情，也終於想起來他們之間存在巨大的溝壑。因為司是未來人，是一個從哪來、為何在此甚至今後是否會存在都未知的存在。他逃避了，他明白此時抽身不再深入了解才是最佳選擇，他不想傷害蓮的人生。蓮自然是發現了司的奇怪之處，在千代的開導下，她將一封信交給了司。
——致 風見司先生
您好。突然來信，十分抱歉
自勞煩您尋得蘭丸，日月已更替幾許？哪怕如今，我的內心仍會不時泛起那時櫻桂的余香
我在學校中無緣與大放異彩的您相會，可無論何時，您那份聰穎都閃耀着理性的光輝，給我帶來源源不斷的驚喜
您第一次呼喚我名字時的那聲「蓮」，仍如繞樑之音，不曾褪色
自那時以來，我真的每天都沉浸在幸福當中。可如今，美好的心境卻陡然一變，化作了凜冬的荒野
您好像在迴避我。是因為我犯下了什麼錯誤嗎？一想到自身的過失，淡淡的哀愁與落寞隨即湧上心頭，胸中再無他物
我對自己的喋喋不休深感歉意。只是，一想起那了以忘憂的日子，陣陣感傷便會纏繞我心
啊！司大人！我是這般想要了解您，內心的憧憬與焦躁如潮水般洶湧
一想到同司大人的緣分將要就此終結，我就心如刀絞
華美的幻夜下梨花紛紛，在我眼中卻宛若淚珠點點……
我心孤寂。望您時不時能回想起我
——水神蓮
「隨心而動——偶爾這樣也好，你總是理智過頭了。」看見所長也在為自己打氣，司最終選擇了將一切挑明。
「之後到底會如何，老實說連我自己也不太清楚。說不定下一個瞬間我就會回到原來的時代——然後在這裏的我隨之消失，就像夢醒一般。」司如是說。
「……即使有一天司先生回到了原來的時代，到那個時候為止，我也會一直陪在你身邊的。」蓮害羞地說道（）。
——肯定，神明也會認可他們彼此的牽絆並不是惡緣吧，司思考着。
- 第八章 吟詠 浮生若夢戀之歌
經過前幾天來回跑圖書館，司查到了蝸居在伏倉萬齋家的那隻狼的真面目——日本狼[5]。請中森先生確認後，也證實了司的猜想是正確的。但同時，蝸居在伏倉家也是那隻狼衰老的證明。不出所料，日本狼的倖存者蘭德魯夫[6]幾天後以安穩的睡顏長眠。中森請求將遺骸送至博物館，將其作為日本狼的最新標本展示，伏倉爽快地答應了。談妥次日，伏倉告訴了司等人有關年輪蛋糕的消息：年輪蛋糕不僅需要用到特定的食材，還需要專用烤箱才能製作。考慮到伏倉驚人的技術力，所長非常厚臉皮地請求（）伏倉製造一台機器。
下午四點，蓮放學的時間，司在蓮的必經之路上等待着她。他們並排走在公園的小路上，眺望着聳立在池塘對面的凌雲閣。
「司先生說了——只要不是未來相關的事情，什麼都能告訴我，對吧？」
「……確實說過。」
「所以，司先生——能告訴我，什麼是戀愛嗎？」
司不禁啞然，蓮注視着他，仿佛一切都靜止了一般。隨即，蓮開玩笑地解釋，但司腦海裡的蓮的笑容再也揮之不去。
拜伏倉所賜，司使用他製造的烤箱花了幾天時間近乎完美地還原了年輪蛋糕的味道，被真霧與蓮稱讚不絕。藉此機會，司與蓮在繁星漫天的夜晚互相傾訴了心中的感情。至此，不知不覺間他們開始追逐那遙不可及的星辰——
- 第九章 夢幻動力？大正永動機奇譚！
司與蓮在難得的周日進行了一次約會並且還見了蓮的父母后，開始着手成田那近乎不可能完成的委託。在查閱了一天報紙毫無收穫的情況下，蓮提出了一個問題：成田為何不惜花（大正時代的）一萬日元也要得到永動機？為了得到這個問題的答案，司跟蹤成田，來到加藤上尉的所在地——三宅坂的陸軍省。在那裏他偷聽到了成田與加藤上尉的對話，了解到成田是被迫籌措大量金額的鈔票，制止了加藤上尉斬殺成田的行為。被救下的成田在事務所里坦白了自己與加藤上尉的關係，司、蓮與所長也因此得知事件的全貌。被逼到甚至求助於不現實的賺錢話題，這就是委託背後的真相。夢幻的動力機械，就如同字面中的夢一樣，這麼破滅了。
外傳 櫻花輪轉中，平行世界觀測者阿良良木觀測到二人在1920年11月遭遇了提前爆發的關東大地震。從二人對話中，司似乎有預料到了震災提前，並做好了緊急情況下的安排。在那之後，司跟着所長一同解決了多起事件，同時也和蓮一起讓愛情茁壯成長。終於，司與蓮迎來了一個分支點。世界將再次爆發戰爭，司以提供情報為籌碼與不知出遠子談妥，萬一有緊急情況就逃往國外。至於為什麼這麼做，當然是風見司，會用他的一切包括未來的所有知識，和眼前的她走向今後的人生路。
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一蓮托生——無論在此世，還是在彼世，我們都將永遠在同一片蓮花上。
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- 結句 令月風和
在關東大地震之際，年紀輕輕便在首個日本女性組織中指導救援·支援活動。與英國人麗貝卡·克魯格攜手，戰後也在多片受災地區拯救着他人的生命。
